Настоятели XVI-XVII веков

21) Кассиан, а по другим Вассиан. В 1505-м году сожжен за ересь Жидовствующих.

22)  Ермоген.,

23) Силуан.  –   Записаны в синодике без лет.

24) Иона 1. В 1517 году произведен из Московских Иеромонахов.

25) Феогност. Упоминается при великом князе Василии Ивановиче, отце Иоанна IV (ум. 1533).

26) Гурий. Упоминается в 1540-м году.

27) Иларион. Упоминается в 1551-м году, и 1552-м ».

28) Геннадий. Был на поставлении Гурия, архиепископа Казанского, в 1555-м году.

29) Варфоломей. В 1558-м году он привез четыре образа из Немецкого города Рогодива (Ревеля), и отвез их царю, с так названною шапкою Иоанна Златоустаго, и с ризами святителя Никиты Новгородского. В 1561 году ездил он в Москву к царю с дарами от себя и от архиепископа Новгородского с поздравлением, при вступлении его во второй брак с царевною Мариею. Он упоминается также в 1564-м году.

30) Леонид. Упоминается в 1568-м году.

31) Александр. В 1577-м году хиротонисан во архиепископа Новгородского.

32) Дионисий. Упоминается в 1582-м году.

33) Мисаил II. Упоминается в 1583-м и 1584-м годах. На имя его дана жалованная грамота от царя Федора Ивановича в 1585 году. В 1589-м году Московским митрополптом Иовом хиротонисан во епископа Псковского.

34) Иоаким. Упоминается в 1591, 1594, и 1598 годах. В последний год до двух раз, Мая 15-го и Июля 31-го. Он подписался на грамоте избирательной на царство Бориса Феодоровича Годунова. В 1599-м году дал вкладу крест напрестольный.

35) Никандр. Упоминается в 1606-м, 1617-м и 1618-м годах. В 1611-м году он посылан был Новгородцами в Швецию просить из двух королевичей, Густава Адольфа, или Карла Филиппа, на Российский престол; а в 1613-м году участвовал в предложении королевичу Филиппу Новгородского княжения.

36) Дионисий 1-й. В 1617-м году прислан из Москвы после Шведского разорения и был настоятелем 15-ть лет, и в это время возобновил монастырь. Он завел в полях десятинную пашню и населил вотчинные земли вышедшими из Свейского и Литовского рубежа Корелянами, и сделал в монастыре многие постройки, о коих было уже упомянуто. На имя его в 1621-м году дана была несудимая грамота царя Михаила Федоровича Юрьеву монастырю.

37) Иона II. Был настоятелем один год с 1-го Генваря, 1633-го года.

38) Герасим. Был настоятелем два года. При нем, в 1634 году, приписан был Перынь к Юрьеву монастырю.

39) Нифонт. Настоятелем был четыре года. Он упоминается в 1635-м и 1637-м годах.

40) Иларион. Упоминается в 1640-м, 1644-м, 1648-м, 1652-м  и 1660-м годах.

41) Динисий II. Упоминается в 1660-м году.

42) Феодосий II . Упоминается в 1661, 1662, 1663, и 1667-м годах.

43) Парфений II. Упоминается в 1668-м году, а в 1672-м году хиротонисан в митрополита Астраханского.

44) Симеон I. Упоминается в 1671 и 1674-м годах, а в 1676 году, 16 Апреля, хиротонисан во епископа Тверского.

45) Симеон II. Скончался в 1676 м году.

46) Иов. В 1676-м году, 6-го Июня, произведен из игуменов Боровского монастыря и был настоятелем 26 лет. Об нем упоминается в 1679, 1680,1681, 1685, 1689, 1693 и 1698-м годах. В 1681-м году он подписался на соборном деянии об уничтожении местничества.

47) Аарон I. Упоминается в 1701-м году, Апреля 10-го дня.